Euskal Autonomia Erkidegoko Justizia Auzitegi Nagusia, gainerako autonomia-erkidegoetako Justizia Auzitegi Nagusien antzera, 1989ko maiatzaren 23an eratu zen.

1978ko Espainiako Konstituzioaren 152. artikuluaren arabera, Autonomia Estatutuetan, erkidegoko antolamendu instituzionalak honako oinarriak ditu, botere-banaketaren printzipioari jarraiki:

a) Legebiltzar bat;

b) Gobernu Kontseilu bat eta Legebiltzarrak hautatutako Lehendakari bat; eta

c) Justizia Auzitegi Nagusi bat, Auzitegi Gorenari dagokion eskumena kaltetu gabe autonomia-erkidegoko lurraldearen antolamendu judizialaren erakunde gorena izango dena. Halaber, salbuespen berarekin ezartzen du prozesuko auzialdi guztiak, izatekotan, autonomia-erkidegoaren lurraldean egoitza duten organo judizialen aurrean agortuko direla.

Euskal Autonomia Erkidegoko Autonomia Estatutuak (1979) barne hartzen du Euskal Autonomia Erkidegoko Justizia Administrazioa, Euskal Autonomia Erkidegoko botereen erregulazioari buruzko II. Tituluan. 34. artikuluan ezartzen du Euskal Autonomia Erkidegoko Justizia Administrazioaren erakunde gorena Justizia Auzitegi Nagusia izango dela, autonomia-erkidego guztian eskumena izango duelarik, eta horren aurrean agortu beharko direla prozesuko auzialdi guztiak, Botere Judizialaren Lege Organikoan ezarritako egiturari jarraituz.

Botere Judizialaren Lege Organikoak (1985) ezarri zituen Justizia Auzitegi Nagusiak osatzen dituzten Salak, horien osaera eta bakoitzaren jurisdikzio-eskumenak. Halaber, lege honek arautzen ditu Justizia Auzitegi Nagusiaren Presidentearen, Salen eta Atalen Presidenteen eta bertan jarduten duten Magistratuen postuak betetzeko jarraitu beharreko erregimena.

Espainiako Justizia Administrazioaren historian zehar, Euskal Autonomia Erkidegoko Justizia Auzitegi Nagusia izan zen Araba, Gipuzkoa eta Bizkaiko probintzia-mugapeen multzoaren lurraldearekin bat datorren jurisdikzioa izan zuen lehen organo judiziala.

Justizia Auzitegi Nagusia eratu zen datan desegin ziren Bilboko Lurralde Auzitegiak, Bizkaiko eta Arabako probintzietan eskumena zutenak, eta Iruñeko Lurralde Auzitegia, bere jurisdikzioaren barruan Gipuzkoako probintzia barne zuena. Lurralde Auzitegiak 1812ko Espainiako Konstituzioaren V. Tituluan eta 1870eko Botere Judizialaren Lege Organikoan ezarritako lurralde-antolamenduaren diseinuaren ondorioa ziren.